Вопросы начинающих TEXовцев:
1.При задании главы и раздела задается "основное" (длинное) и "дополнительное" (короткое) название: \section[short]{full}}. В этом случае в оглавление и колонтитул идет дополнительное (short), а в текст - основное (full). Требуется, чтобы в оглавление и в текст шло основное (full), а в колонтитул - дополнительное (short).

Ответ:
Добавить строку в содержание можно командой

\addcontentsline{toc}{section}{Полное имя}
А команда секционирования должна иметь вид:
\section*{Полное имя}|
* - форма команд секционирования не передает заголовки в оглавление и колонтитулы.

Для формирования нужных колонтитулов выбрать стиль страницы и сформировать колонтитулы командой \markboth{left}{right}, где left, right должны содержать ту информацию, которая пойдет на левую и правую страницы, при односторонней печати все страницы считаются правыми. или командой \markright{right}.

\documentclass[12pt]{article}
\usepackage[cp866]{inputenc}
\usepackage[english,russian]{babel}
\usepackage{amsfonts,amssymb}
\begin{document}
\tableofcontents
\pagestyle{myheadings}
\section*{Длинное название главы}
\addcontentsline{toc}{section}{Длинное название главы}
\markboth{Короткое название статьи}{Короткое название главы}
Сама глава.
 \end{document}

2.Как сделать корректную ссылку в заголовке раздела?

Ответ:
Ссылку в заголовке раздела можно сделать командой:

\footnote{}
Нужно только помнить, что команда \footnote{} внутри команды \section{} должна быть защищена командой \protect.
\section{Заголовок\protect\footnote{Ссылка}}