I. При работе над диссертацией(книгой) удобно создавать предметный указатель диссертации,
который является важной частью документа.
Выполняется это следующим образом:
1). В тексте работы индексируемые строки отмечайте командой \index{...}.
2). В преамбуле документа загрузите пакет makeindx.
3). В преамбуле после загрузки пакета вставьте команду \makeindex.
4). Там, где должен быть напечатан предметный указатель, 
вставьте команду \printindex. Обычно в конце документа.
\documentclass{article}
...
\usepackage{makeidx}
\makeindex
\begin{document}
...\index{ключевое слово1}...
...\index{ключевое слово}...
...\index{ключевое слово}...
............
\prinindex
\end{document}
Более подробно см. М. Гуссенс ... 
Путеводитель по пакету LATEX и его расширению LATEX2
.
II. При работе над диссертацией(книгой) приходится отрабатывать каждую главу в отдельности.
Поэтому лучше всего:
A. Формировать предметный указатель для каждой главы в отдельности.
Б. Формировать предметный указатель,
в котором ключевые обозначения и фразы располагаются
в хронологическом порядке, а не в алфавитном.
Порядок формирования указателя:
0. В преамбуле документа вставить следующую строку:
\newcommand{\indexentry}[2]{\item #1\dotfill #2\medskip}
1. После первой трансляции LaTeXом при наличии в файле 
glava.tex
команды \makeindex формируется полуфабрикат указателя 
(файл с расширением glava.idx).
2. Скопировать файл glava.idx в файл glava_index.tex.
3. Дополнить основной файл главы строками (или раскомментировать их, если
они были сформированы заранее):
\begin{theindex}                     
\subsection*{Предметный указатель главы 1.}   
\addcontentsline{toc}{subsection}    
{Предметный указатель}               
\scriptsize                            
\input{glava_index.tex}                
\end{theindex}
4. Оттранслировать еще раз файл glava.tex. 
Таким образом, в конце диссертации будет напечатано несколько предметных
указателей (по количеству глав), если это необходимо.
Такой указатель:
1. Облегчает работу над диссертацией, т.к. написание диссертации процесс
длительный, автор работает над ней в течение нескольких месяцев, последовательно
отрабатывая материал. 
Подробный предметный указатель по главам необходим прежде всего
на стадии работы над диссертацией.
Отлаженный файл-указатель (имя.idx)  копируется 
в файл с именем имя_index.tex и 
далее уже не удаляется, тогда как файлы с расширением *.idx
считаются рабочими для LaTeX-системы и могут быть удалены, например,
командой чистки рабочих файлов в WINEDT.
2. Возможно, по окончании работы над диссертацией автор решит сократить  число
проиндексированных понятий в диссертации и объединить все указатели в один.
Пример диссертационной страницы "Предметный указатель":